Pueden inscribir hasta un máximo de tres jugadores nuevos, y en cualquier caso el límite de 25 jugadores en la lista «A» se mantiene. Con este gol, el primero del partido en el minuto 23′, tienda atletico de madrid superaba a Dani batiendo el récord de ser el máximo goleador del Athletic Club en competiciones europeas. El 28 de enero, logró su segundo hat-trick frente al Rayo Vallecano, triplete que no conseguía desde hacía siete años en un partido oficial y el primero en La Liga. En el minuto 7, tras un precioso tacón de Jurado para la llegada de Forlán, el uruguayo cedió a Agüero para que marcase el primero. En el partido de primera fase disputado el 20 de junio de 2009, entró en el minuto 60′ en sustitución de Torres y en el minuto 72′, logró el 2-0, marcando su segundo gol con la absoluta. Fernando Llorente fue convocado con la selección sub-20, en junio de 2005, para disputar el Mundial Sub-20 de Holanda junto a Fàbregas, Silva, Zapater, Juanfran y Jonathan Soriano, entre otros.
El 4 de diciembre, tras cinco meses de silencio, Fernando Llorente comparecía en rueda prensa para hablar, por primera vez, de su decisión firme de no seguir en el Athletic. Tal y como publicó la prensa belga en su momento, el ahora portero del Atlético de Madrid mantenía una estrecha amistad con un compañero de la selección belga, Kevin de Bryne, centrocampista del Werder Bremen, y su novia, Caroline Lijnen. Pedían una amarilla, la segunda, para Sarabia los jugadores del Atlético por una falta sobre Rodrigo. Mejor escrito, en Colonia, que es donde vive, como la mayoría de los jugadores del Leverkusen. “China es la élite absoluta si hablamos de nuestro deporte”, explica, recalcando que “sus jugadores son profesionales y sus sueldos se pueden equiparar a los que ganan los jugadoresen la Primera divisióndel fútbolespañol”. Terminó la temporada logrando su segundo Scudetto particular, su primera Copa de Italia y disputando los últimos minutos de la final de la Liga de Campeones ante el FC Barcelona. Comenzó la temporada 2015-16 en el equipo italiano, logrando la Supercopa de Italia ante la Lazio. En los últimos partidos de la temporada marcó tres goles determinantes ante el Deportivo de la Coruña (1-1), Mallorca (2-1) y Zaragoza (1-2), que ayudaron al equipo a alejarse de los últimos puestos de la clasificación.
El 8 de marzo marcó uno de los goles en la histórica victoria en Old Trafford ante el United de Ferguson (2-3) en la ida de los octavos de final. Posteriormente, marcó otros dos tantos en la ida de cuartos de final ante el FC Schalke 04 de Raúl. En el partido de ida de esa misma ronda logró un doblete ante el Molde FK noruego que allanó el camino a la siguiente ronda. El 4 de marzo marcó el cuarto doblete de la temporada, el último de ellos en el descuento, ayudando a un nuevo triunfo del equipo ante el Burnley. El 13 de febrero, tras rematar de cabeza un saque de esquina, puso el 3-0 definitivo en el triunfo ante el Borussia Dortmund en los octavos de final. El 17 de abril fue el héroe inesperado al marcar el tercer gol de su equipo, ante el Manchester City en el Etihad Stadium, que dio acceso a las semifinales de la Liga de Campeones.
Este gol permitió al equipo acceder a los dicesiesavos de la Liga Europa. El equipo quedó subcampeón tanto de la Liga Europa como de la Copa del Rey. Llorente emprendió la temporada 2012/2013 habiendo disfrutado solo de 18 días de vacaciones, tras el triunfo de la Eurocopa 2012, con dobles sesiones de entrenamiento en Lezama para hacer frente a los partidos de clasificación de la UEFA Europa League. Tres días después anotó su primer gol, en tiempo de descuento, en el triunfo ante el Liverpool (2-0) de la primera jornada de la Liga de Campeones. El 21 de mayo, ya sin nada en juego, marcó el tanto del triunfo en el minuto 86 ante el WBA para lograr su 15º gol en la Premier League. El único gol del partido lo marcó Arda Turan, en el minuto 61, rematando muy forzado en el segundo palo un centro desde la derecha de Koke. A lo largo de la temporada se fue asentando como delantero centro titular, formando una gran dupla de ataque junto a Carlos Tévez.